為落實防疫工作，交通部民用航空局於3月27日修正「國籍航空公司實施機組人員防疫健康管控措施作業原則」，除增列組員違反規定將直接列入14天居家檢疫管制外，亦增訂補充原則，要求貨機機組員返台後3天內、客機機組員返台後5天內需落實居家檢疫規定，不得派飛與外出。

民航局於3月19日訂定「國籍航空公司實施機組人員防疫健康管控措施作業原則」，作為航空公司機組員防疫措施的指引。在參照居家檢疫原則下，允許航空公司在組員返台後14天內派飛組員，但組員執勤飛往國外時，前往飯店應由專車接送，入住飯店後不得外出，並於房間內或飯店指定處所用餐。

民航局表示，隨著疫情變化，為確保航空公司營運，該局邀集業者與相關部會討論後，修正部分規定。為促使業者能落實管理組員能遵守防疫相關規範，增列組員不管在國外或返國後違反相關規定，均將通報疾管署並將組員列入社區居家檢疫14天管制。組員在此期間若身體不適，應立即通報所屬航空公司，由公司安排就醫。

武漢肺炎對航空產業營運造成衝擊，為協助國籍航空公司減輕營運負擔並協力共同防疫，民航局公布「受嚴重特殊傳染性肺炎影響民用航空運輸業之融通貸款利息補貼作業要點」及「補貼航空業者因應嚴重特殊傳染性肺炎防疫費用作業要點」等兩項補貼措施，即日起受理國籍航空公司申請融通貸款利息補貼及因應防疫措施所生費用。
 
民航局表示，自3月17日起，業者可申請為維持正常營運資金之融通貸款利息補貼；另業者為配合主管機關要求執行防疫措施所生之費用，也可向該局提出申請，並可溯自109年1月15日起。
 
民航局提醒，防疫措施所生費用之補貼款以實報實銷為原則，包含為供航空器機組員、旅客及駐航空站第一線工作人員量測體溫所採購之耳(額)溫槍及耳溫套，耳(額)溫槍每支補貼1500元為上限，耳溫套以每個5元為上限；另為供航空器機組員、旅客、清艙人員及駐航空站第一線工作人員使用所採購之口罩，以每個補貼5元為上限；航空器消毒費用，國際及兩岸航班以每架次補貼4,500元為上限，國內航班以每架次補貼新臺幣2500元為上限。
 

因應武漢肺炎疫情造成的航空產業損失，交通部已研議紓困措施，並以特別預算補貼航空業(民用航空運輸業及普通航空業)及機場業者(機場內之商業服務設施業者、地勤業、空廚業)之降落費、土地租金、房屋及機庫使用費、權利金，並較92年SARS紓困措施更為優惠，以預估109年較108年度全年客運量平均減少25%幅度估算，約42.85億元。
 
另針對民用航空運輸業及地勤業者協助防疫部分，亦已編列補貼業者購置防疫用品所需經費，預估5.78億元。