武漢肺炎對航空產業營運造成衝擊，為協助國籍航空公司減輕營運負擔並協力共同防疫，民航局公布「受嚴重特殊傳染性肺炎影響民用航空運輸業之融通貸款利息補貼作業要點」及「補貼航空業者因應嚴重特殊傳染性肺炎防疫費用作業要點」等兩項補貼措施，即日起受理國籍航空公司申請融通貸款利息補貼及因應防疫措施所生費用。
 
民航局表示，自3月17日起，業者可申請為維持正常營運資金之融通貸款利息補貼；另業者為配合主管機關要求執行防疫措施所生之費用，也可向該局提出申請，並可溯自109年1月15日起。
 
民航局提醒，防疫措施所生費用之補貼款以實報實銷為原則，包含為供航空器機組員、旅客及駐航空站第一線工作人員量測體溫所採購之耳(額)溫槍及耳溫套，耳(額)溫槍每支補貼1500元為上限，耳溫套以每個5元為上限；另為供航空器機組員、旅客、清艙人員及駐航空站第一線工作人員使用所採購之口罩，以每個補貼5元為上限；航空器消毒費用，國際及兩岸航班以每架次補貼4,500元為上限，國內航班以每架次補貼新臺幣2500元為上限。
 

因應武漢肺炎疫情造成的航空產業損失，交通部已研議紓困措施，並以特別預算補貼航空業(民用航空運輸業及普通航空業)及機場業者(機場內之商業服務設施業者、地勤業、空廚業)之降落費、土地租金、房屋及機庫使用費、權利金，並較92年SARS紓困措施更為優惠，以預估109年較108年度全年客運量平均減少25%幅度估算，約42.85億元。
 
另針對民用航空運輸業及地勤業者協助防疫部分，亦已編列補貼業者購置防疫用品所需經費，預估5.78億元。

交通部宣布，考量武漢肺炎疫情發展，交通運輸及觀光旅遊相關資訊更新頻繁，為提供便民服務，部長林佳龍指示於交通部官網成立「交通觀光防疫專區」，整合海空運(航班異動、搭機須知)、觀光(旅遊警示、旅遊團退費原則、台灣燈會防疫注意事項)等最新資訊，並持續請各相關機關持續提供並更新資訊，以利民眾即時查詢了解，網頁專區已上線，歡迎民眾查詢使用：https://event.motc.gov.tw/index.jsp?webid=202002100001。