武漢肺炎對民航產業造成嚴重衝擊，影響程度已遠超過SARS期間，行政院及交通部為協助國籍業者渡過難關，指示交通部民用航空局超前部署啟動「紓困2.0」計畫，即日起由政府提供信用擔保，業者可運用的貸款與利息補貼額度約500億元，後續視疫情發展與需求調整。
 
民航局表示，國籍航空公司自上月17日起，已可依「受嚴重特殊傳染性肺炎影響民用航空運輸業之融通貸款利息補貼作業要點」，申請維持營運所需資金之融通貸款利息補貼；由於衝擊持續擴大，交通部林佳龍部長特別指示民航局研擬紓困2.0版，舒緩業者營運資金需求壓力。
 
民航局指出，紓困2.0啟動後，國籍航空公司、航空站地勤業及空廚業者，可依「對受嚴重特殊傳染性肺炎影響發生營運困難航空產業紓困貸款保證作業實施要點」向金融機構申請為維持營運之融通貸款，並由政府提撥專款提供信用保證，此類貸款亦可同時申請利息補貼。
 
為方便業者瞭解「紓困2.0」計畫內容，民航局於4月9日邀集國籍航空公司、航空站地勤業、空廚業、銀行公會、金融機構及財團法人中小企業信用保證基金等召開說明會，就貸款及利息補貼作業流程進行充分溝通與意見交換，同時提醒業者相關須注意事宜，以利申貸作業順遂，後續民航局將與相關單位共同協助業者，加速完成貸款作業。

中央流行疫情指揮中心公布3月30日CI-011紐約飛抵台北航班，機上旅客共11人(4月10日新增1人)確診新型冠狀肺炎，引發各界關注。對此，中華航空公司發表聲明指出，對於外界近日針對此班機有諸多議論與傳言，令社會大眾感到不安，該公司深感遺憾，並強調自疫情爆發以來，該公司以最嚴格標準並配合中央流行疫情指揮中心指示，執行航班、旅客、同仁及機組人員的防疫、抗疫標準、降低傳染風險為最高原則。

為落實防疫工作，交通部民用航空局於3月27日修正「國籍航空公司實施機組人員防疫健康管控措施作業原則」，除增列組員違反規定將直接列入14天居家檢疫管制外，亦增訂補充原則，要求貨機機組員返台後3天內、客機機組員返台後5天內需落實居家檢疫規定，不得派飛與外出。

民航局於3月19日訂定「國籍航空公司實施機組人員防疫健康管控措施作業原則」，作為航空公司機組員防疫措施的指引。在參照居家檢疫原則下，允許航空公司在組員返台後14天內派飛組員，但組員執勤飛往國外時，前往飯店應由專車接送，入住飯店後不得外出，並於房間內或飯店指定處所用餐。

民航局表示，隨著疫情變化，為確保航空公司營運，該局邀集業者與相關部會討論後，修正部分規定。為促使業者能落實管理組員能遵守防疫相關規範，增列組員不管在國外或返國後違反相關規定，均將通報疾管署並將組員列入社區居家檢疫14天管制。組員在此期間若身體不適，應立即通報所屬航空公司，由公司安排就醫。