中央流行疫情指揮中心核定，松山等五處機場將設置篩檢站，從6月2日起前往澎湖、金門、馬祖旅客，有症狀者需接受核酸檢測、不得登機，搭機前14天內有疑似症狀者需接受快篩，採檢陰性才允許登機。

交通部民用航空局表示，松山、臺中、嘉義、臺南、高雄等五處有航班往來澎湖、金門與馬祖等離島的機場，經指揮中心核定後，已經設置篩檢站，並備妥防護裝備及篩檢試劑，於6月2日啟動相關作業。
 
民航局提醒，搭機前往澎湖、金門與馬祖的旅客，抵達機場時均需填寫「嚴重特殊傳染性肺炎國內線航班旅客健康聲明書」一式2份，交航站人員檢視，並配合實聯制及量體溫。

依疫情指揮中心規定，搭機當天有新冠肺炎疑似症狀者不得登機，應配合進行病毒核酸檢測，採檢後需返家等待檢驗結果，返家過程不得搭乘大眾運輸工具。

搭機當天沒有症狀，但過去14天內有疑似症狀者，則於現場配合快篩，快篩結果陰性者可登機，快篩結果陽性者，由衛生單位安排後續病毒核酸檢測，並搭乘防疫計程車至防疫旅宿或集中檢疫所，等待檢測結果。

為讓篩檢作業順利進行，航空公司也將暫停受理前往澎湖等離島航班的網路報到作業，旅客必須於現場櫃臺或自助報到櫃臺（Kiosk）辦理報到並繳交健康聲明書。

國內疫情轉趨嚴峻，為有效阻絕跨境傳染，交通部長王國材要求全國17座機場今(23)日徹底清潔消毒，王國材部長表示，所有旅客與機組員可能經過、碰觸的場域，都應徹底清消，所有港埠明(24)日跟進，未來也要持續貫徹、落實。

王國材部長今日在民航局長林國顯、桃園機場公司總經理但昭璧、航政司長何淑萍陪同下，先後前往松山機場與桃園機場視察清消作業。他強調，這次的全面清消，要針對旅客有可能接觸的所有細節特別強化相關措施，明日各港埠也要比照辦理。

王國材部長指出，自去年初新冠肺炎疫情爆發後，全國17座機場即全面加強清消作業，只要有國際線航班入境，與旅客動線有關的區域，就立即執行清消，公共區域清消頻率則自每天3次提高為6次，並於每天深夜執行一次深入清消。

本月15日，中央疫情指揮中心宣布台北市與新北市提升為三級警戒後，王國材說，包括松山機場及與松機有航班往來的所有機場，清消頻率已經提升為每小時一次，並將原本每天深夜於公共區域執行的深度清消，擴及航站所有區域。19日三級警戒擴及全國後，相關措施也擴及全國17座機場。

交通部民用航空局表示，因應國內防疫升級，除監督華航執行「清零2.0計畫」，也將與航空公司業者、機組員落實三級機制，加強監理機組員防疫工作；並檢查機組員居住之防疫旅宿，確認機組員有嚴格遵守防疫規範。

民航局表示，華航「清零2.0計畫」已開始執行，指揮中心已將機組員分為安全組及風險組，目前在集中檢疫所或防疫旅宿接受檢疫的機組員，14天檢疫結束後進入安全組，可進入社區或派飛；風險組目前持續派飛，任務結束、完成14天居家檢疫，進入安全組。兩組成員不能相互接觸、禁止混編派飛。

由於華航評估清零2.0計畫需費時3個月才能完成，諾富特飯店約500間房間供其機組員居家檢疫仍有可能不足，行政院邀集相關單位會商後，針對不足部分，將考量利用現已收入華航組員之防疫旅宿或集中檢疫所。