因應武漢肺炎疫情造成的航空產業損失，交通部已研議紓困措施，並以特別預算補貼航空業(民用航空運輸業及普通航空業)及機場業者(機場內之商業服務設施業者、地勤業、空廚業)之降落費、土地租金、房屋及機庫使用費、權利金，並較92年SARS紓困措施更為優惠，以預估109年較108年度全年客運量平均減少25%幅度估算，約42.85億元。
 
另針對民用航空運輸業及地勤業者協助防疫部分，亦已編列補貼業者購置防疫用品所需經費，預估5.78億元。

交通部宣布，考量武漢肺炎疫情發展，交通運輸及觀光旅遊相關資訊更新頻繁，為提供便民服務，部長林佳龍指示於交通部官網成立「交通觀光防疫專區」，整合海空運(航班異動、搭機須知)、觀光(旅遊警示、旅遊團退費原則、台灣燈會防疫注意事項)等最新資訊，並持續請各相關機關持續提供並更新資訊，以利民眾即時查詢了解，網頁專區已上線，歡迎民眾查詢使用：https://event.motc.gov.tw/index.jsp?webid=202002100001。

長榮航空宣布，考量嚴重特殊傳染性肺炎疫情持續發展，且義大利政府暫時禁止台灣之航空公司飛往義大利，原訂2月18日首航之台北-米蘭航線將延後開航。此外，長榮航空原訂4月2日開航台北-普吉島航線，也受疫情持續升溫影響，將延後開航。
 
長榮航空表示，該公司經多方管道與義大利政府溝通，且明確表達台灣並非疫區，但至今仍未獲解禁之回應。上述兩條航線的開航日期，將會依當地政府公告、疫情狀況以及市場信心恢復程度再行決定。