國籍航空公司機組員居家檢疫新機制7月1日起實施，機組員視疫苗施打進度有不同規範，交通部民用航空局表示，除嚴格要求業者落實規範，將特別關注組員分流與機上防護、外站零接觸、外站旅館合約、機組員居家檢疫等面向並加強查核。

由於疫情尚未完全緩和，根據中央疫情指揮中心要求，除於往來英國、印尼、印度、孟加拉、以色列、巴西與秘魯等七個高風險國家航班上值勤的機組員，返國後均需居家檢疫14天，期滿後進行PCR檢測外，其他7月1日開始，視值勤之長、短程與疫苗施打進度，分別有不同規範（詳附件）。

民航局表示，隨著疫情轉趨嚴峻，已就長程航班機組員出國到返國期間各項防疫作為執行強化措施，主要針對機組員出國報到與返國報離過程的組員分流與機上全程防護、精進外站零接觸、增訂外站旅館合約規範與明訂機組員居家檢疫地點規範等，要求各航空業者必須嚴格落實，民航局也持續加強督導查核。

民航局表示，相關措施，航空公司自疫情爆發後即持續執行，民航局則針對前述四面向加強查核，例如機組員外站旅館合約必須符合世界衛生組織規範的防疫旅宿指引、返國後的防疫旅宿、防疫宿舍與居家檢疫自宅，均需符合指揮中心各項規定與條件等。相關作為，民航局每週至少查核一次，監督業者落實。

中央流行疫情指揮中心核定，松山等五處機場將設置篩檢站，從6月2日起前往澎湖、金門、馬祖旅客，有症狀者需接受核酸檢測、不得登機，搭機前14天內有疑似症狀者需接受快篩，採檢陰性才允許登機。

交通部民用航空局表示，松山、臺中、嘉義、臺南、高雄等五處有航班往來澎湖、金門與馬祖等離島的機場，經指揮中心核定後，已經設置篩檢站，並備妥防護裝備及篩檢試劑，於6月2日啟動相關作業。
 
民航局提醒，搭機前往澎湖、金門與馬祖的旅客，抵達機場時均需填寫「嚴重特殊傳染性肺炎國內線航班旅客健康聲明書」一式2份，交航站人員檢視，並配合實聯制及量體溫。

依疫情指揮中心規定，搭機當天有新冠肺炎疑似症狀者不得登機，應配合進行病毒核酸檢測，採檢後需返家等待檢驗結果，返家過程不得搭乘大眾運輸工具。

搭機當天沒有症狀，但過去14天內有疑似症狀者，則於現場配合快篩，快篩結果陰性者可登機，快篩結果陽性者，由衛生單位安排後續病毒核酸檢測，並搭乘防疫計程車至防疫旅宿或集中檢疫所，等待檢測結果。

為讓篩檢作業順利進行，航空公司也將暫停受理前往澎湖等離島航班的網路報到作業，旅客必須於現場櫃臺或自助報到櫃臺（Kiosk）辦理報到並繳交健康聲明書。